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18 de febrero de 2009

Que son los Analisis de Componentes Principales "Evolutivos"?

ResearchBlogging.orgConfieso mi ingenuidad e ignorancia: me ha sorprendido leer que existen "Análisis de Componentes Principales Evolutivos"!
La fuente de la iluminación es el articulo:
Jesse M Meik & Andre Pires-daSilva. 2009. Evolutionary morphology of the rattlesnake style. BMC Evolutionary Biology 9:35 doi:10.1186/1471-2148-9-35
Article URL
http://www.biomedcentral.com/1471-2148/9/35

Así que me dispuse a leerlo y averiguar que es este método, pues solo con el nombre me inspira una predisposición psicológica muy favorable.

Los datos: 8 medidas de los cascabeles de serpientes (el estilo), cuatro medidas de otras partes del cuerpo y el numero de escamas subcaudales. Nada extraordinario: distancias entre marcas y conteos.
Los ajustes: todas las variables transformadas en logs base 10. Se calcularon los residuales de la regresión de las variables contra una de ellas (snout–vent length) como una manera de estandarizar el efecto del tamaño.
La referencia: una filogenia ad hoc para colocar 34 especies en cinco grupos.
Los análisis ACPE: un circo extraordinario de tres pistas y necesito que alguien me dirija para disfrutar el espectáculo.
No quiero arriesgarme a hacer una mala traducción o una mala interpretación. La explicación de los autores dice:

"In cross-species comparisons, EPCA has an advantage over standard PCA in that EPCA extracts axes that maximize evolutionary change rather than ordinating static variation. In this variant of PCA, ancestral states are first reconstructed using squared-change parsimony and then eigenanalysis is performed on vectors of evolutionary change along each branch [18]. Thus, by incorporating phylogenetic information, EPCA is potentially able to reduce non-independence of cross-species data sets due to similarity through common descent."


El software: Dyreson E, Maddison WP. 2006. Rhetenor package for morphometrics. 1.11 edition: Mesquite module.
Los resultados: Se graficaron los dos primeros componentes y se identificaron las variables correlacionadas con estos, como es usual.

Las interpretaciones:

"Thus we interpret the main spectrum of interspecific differences in style shape to reflect a continuum from relatively longer styles with deeper prongs, wider gaps between prongs (i.e., greater angle), more attenuated prongs, and greater constriction (or notching) near the juncture with the prongs and the anterior body of the style, to relatively shorter styles with shallow, but broad, prongs (or, in the extreme condition, prongs absent), and less constriction at the juncture of the prongs and the anterior
style body (see Fig. 1)."


Seguro que alguien ya había oído de este método! Que opinan? Realmente es la manera de revelar la información de las diferencias evolutivas entre linajes? Que otras alternativas existen?

Mi preferencia es tradicional: reconstruir la serie transformacional optimizando los cambios de estados en el cladograma. El diagnostico de los estados por supuesto puede ser referido a un espacio morfometrico. Mi preferencia es el morfoespacio mediante los Análisis de Variables Canonicas extraido del espacio configurado por las variables que describen la característica estudiada.

Espero sus comentarios y aclaraciones, pues seguro se me escapa algo sobre los ACPE.



Meik, J., & Pires-daSilva, A. (2009). Evolutionary morphology of the rattlesnake style BMC Evolutionary Biology, 9 (1) DOI: 10.1186/1471-2148-9-35

1 comentario:

  1. Hola!

    Muy interesante esta publicación... me tope con ella pues estoy realizando mi trabajo de grado en base a morfometría tradicional...

    Tengo una pequeña duda, ¿Como y con que programa transformas tus datos a log base 10 para hacer los análisis de componentes principales?

    Si me respondes te estaré infinitamente agradecido, pues no he dado con la respuesta...

    Gracias de antemano

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