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26 de junio de 2019

LMs4TNT: Java tool to convert xy coordinates to a TNT data block

I am glad to make available a Java program that reads “x, y” coordinates of landmarks and semilandmarks from each specimen (tps or row format), estimates means for each group, and writes blocks of terminal names and the coordinates with the corresponding commands as required by TNT phylogenetic software.

You can download "jt4tnt.class" at the following URL:
http://www.filogenetica.org/Java_tool/lms4tnt.htm
Please note that “jt4tnt.class” is a java tool, thus it is platform independent. This program requires Java 6 or later (Java 1.6). Runs from your system command window writing a command line with several expressions separated by a space.

As an example, the following command line will read 300 configurations in a tps file “my300configs.tps”, will calculate means for 10 groups according to the labels in “membership10spp.txt”, and will write these in the output file “my10spp.txt” with all necessary TNT commands:
>java jt4tnt -i my300configs.tps -o my10spp.txt -m membership10spp.tx
There is more info on examples, input data file formats, membership list file, and output files in the website.

I guess you can cite this tool as:
Sandria, J. & E. De Luna. LMs4TNT, Java tool to convert xy coordinates to a TNT data block. jt4tnt v1.0, jan/21/2016. url: http://www.filogenetica.org/Java_tool/lms4tnt.htm (date accessed: xxxxxxx).

31 de mayo de 2019

Curso de Morfometría Geométrica y Filogenia en Barcelona


Ya está abierta la inscripción para la 9ª edición del curso de Transmitting science "Geometric Morphometrics and Phylogeny "

Fechas: Del 9  al 13 de septiembre de 2019

Profesor:  Dr. Chris Klingenberg (University of Manchester, United Kingdom)

Lugar: Capellades, Barcelona (España)

Más información y matrícula:
https://www.transmittingscience.org/courses/geometric-morphometrics/geometric-morphometrics-phylogeny/

Programa del curso:
 
1. Phylogeny, trees and phylogenetic reasoning.
2. Brief review of geometric morphometrics (Procrustes fit, PCA, etc.).
3. Mapping traits onto phylogenies: squared-change parsimony.
4. Practice: making/editing Nexus files, mapping morphometric data onto the tree (Mesquite, MorphoJ).
5. Phylogenetic signal, morphometric traits and estimating phylogeny.
6. Comparative methods: independent contrasts.
7. Application in morphometrics: evolutionary allometry and size correction.
8. Practice: comparative methods (MorphoJ).
9. Application of comparative methods: morphological integration.
10. Multi-level analyses of integration: inferring evolutionary mechanisms.
11. Application of comparative methods: partial least squares (ecomorphology, etc.).
12. Practice: comparative methods (cont.).
13. Morphometrics, phylogenies and qualitative characters.
14. Disparity and diversification.
15. Presentations of group work.


10 de abril de 2019

Curso: Morfometría geométrica y sus aplicaciones (en R)

Imparte: Dra. Sandra Ospina (Investigadora asociada al Instituto de Ecología A.C.)

Fecha: 22 al 26 de Julio

Lugar: ENES Mérida (UNAM)


Presentación: Este curso está dirigido a estudiantes, profesores e investigadores interesados en aplicar los protocolos de la Morfometría Geométrica para el estudio de la forma en diferentes contextos biológicos. Se ha impartido en ocasiones anteriores en México y Colombia. El curso contiene tanto elementos teóricos (teoría de la forma, conceptos estadísticos y métodos de análisis multivariado) como prácticos (uso de software Tps, y los paquetes para R: Geomorph, Shape, Morpho) para analizar datos morfométricos, visualizar rejillas de deformación, realizar análisis estadísticos e interpretar los resultados para responder preguntas sobre variación morfológica. Además se presentan algunas aplicaciones de los datos de morfometría geométrica en ecología, evolución, ontogenia y filogenia.



Para el proceso de inscripción se debe llenar el formulario de inscripción y enviar al correo ospinagarcess@gmail.com

Para el proceso de pago:

1. Se enviará una ficha con número de referencia al correo que se proporcione.
2. Con esta ficha de referencia se realiza el pago en cualquier sucursal de Bancomer.
3. Deberán entregar el comprobante de depósito en las instalaciones de la ENES Mérida, ubicadas en Calle 7B #227 x 20 y 22ª, Col. Juan B. Sosa, Mérida, Yucatán, en horario de lunes a viernes de 9:30 am a 3:00 pm y de 5:00 pm a 8:00 pm A MÁS TARDAR EL DÍA DEL INICIO DEL CURSO.

Requisitos y formulario de inscripción

FECHA LIMITE DE INSCRIPCIÓN: 20 de Junio

18 de febrero de 2019

IMP8 para Win y Mac nuevamente disponibles

Gracias a la amabilidad de David Sheets, él nos ha autorizado ofrecer los instaladores de IMP8, nuevamente.

Hay un pero, ... que él ya no dará mantenimiento ni atenderá solicitudes de ayuda para soporte. Actualmente IMP8 esta libre de problemas, pero en el caso de surgir nuevos problemas David ya no podrá trabajar en la solución.

El sitio web para descarga de archivos esta aquí:
http://www.filogenetica.org/cursos/Morfometria/IMP_installers/index.php


Agradecemos a David Sheets por facilitar los instaladores para hacer posible seguir usando este paquete de programas.

Efrain

11 de febrero de 2019

Morfometria Geometrica en R, Xalapa, Mexico


Información sobre el curso de MG en R, impartido por Miriam Zelditch y Donald Swidersky.
Los esperamos en México del 18 al 22 de Marzo.
Morfometria Geometrica en R
El curso esta dirigido a estudiantes de posgrado e investigadores, interesados en aprender la herramienta de la morfometría geométrica y sus aplicaciones, en el programa R. Este será impartido en inglés y para participar se deberá enviar un correo de intención a los organizadores, mencionando su nivel de experiencia en morfometría y R, los estudiantes aceptados recibirán un correo de confirmación y posteriormente realizarán la inscripción en la página del posgrado del Inecol.
 Cupo máximo: 30 estudiantes.

Dra. Sandra Milena Ospina Garcés,
 Investigador asociado FORDECYT
 Instituto de Ecología A.C.

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