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20 de octubre de 2009

UK Morphometrics meeting 2010. Canterbury

Second UK One-Day Meeting on Morphometrics and Statistical Shape Analysis.
University of Kent, Canterbury, 11th January 2010
The lectures will be held in the Kent Business School, University of Kent, Canterbury, and the registration, poster sessions and coffee and lunch breaks will be in the foyer of the same building. For more detailed information, see the web page about the location.


Programme
10.00-10.45: Coffee and registration
10.45-11.00: Alfred Kume School of Mathematics, Statistics and Actuarial Science, University of Kent. Welcome and Introduction to the Meeting

11.00-11.30: Kanti V. Mardia. School of Mathematics, University of Leeds. Title: TBA
11.30-12.00: Chris Klingenberg. Faculty of Life Sciences, University of Manchester. Title: TBA
12.00-13.30: Lunch and poster viewing.
13.30-14.00: Graham Horgan
Biomathematics and Statistics Scotland, University of Aberdeen. Title: TBA
14.00-14.30: Norman MacLeod. Keeper of Palaeontology, British Natural History Museum.
Title: Non-linear morphology-based discrimination of taxonomic groups with and without landmarks

14.30-15.00:Tea/coffee and poster viewing

15.00-15.30: Ian Dryden. School of Mathematical Sciences, University of Nottingham. Title: TBA
15.30-16.00: Sarah Elton & Andrea Cardini. Functional Morphology and Evolution Research Unit, Hull-York Medical School. Title: TBA
16.00-16.15: Noreen von Cramon-Taubadel. School of Anthropology and Conservation, University of Kent.

Meeting wrap-up, announcements

Further information:
Organisers:
Alfred Kume , School of Mathematics, Statistics and Actuarial Science, University of Kent. E-mail: A.Kume ‘AT’ kent.ac.uk

Noreen von Cramon-Taubadel , School of Anthropology and Conservation, University of Kent. E-mail: N.Von-Cramon ‘AT’ kent.ac.uk

2 de octubre de 2009

Workshop on Geometric Morphometrics, Mexico

Imparten: 
Miriam L. Zelditch & D.L Swiderski.
Fecha: 
26 al 30 de Octubre, 2009.
Salon de Usos Multiples, IIA, UNAM.

Horario: Lunes a Viernes, 9:30 a 14:00 y 16:00 a 20:00.

Cuota de recuperación: mex $700. ($350 miembros AMAB)
Cupo limitado.
Inscripciones e información:   Abigail Meza abigailmezap@yahoo.es

18 de septiembre de 2009

GEOMETRIC MORPHOMETRICS IN ARCHAEOZOOLOGY: APPLICATIONS AND PERSPECTIVES

The 11th ICAZ International Conference of ICAZ (International Council for Archaeozoology) will take place in Paris, from 23 to 28 August 2010.

The main objectives of the conference are to:

  • promote archaeozoology (zooarchaeology) as a domain of study that provides increasingly important contributions to both prehistoric and historical archaeology and to the history of biodiversity;
  • strengthen interactions between archaeozoologists from all continents, in particular those who find themselves in situations of partial isolation. The 2010 conference will particularly focus on giving voice to and generating closer links with archaeozoologists based in Central/Eastern Europe and Asia, without neglecting Latin America, where the previous ICAZ Conference took place;
  • promote the archaeozoological study of hunter-gatherers societies.
Scientific Session on Geometric Morphometrics
Morphometrics, which study variations and changes in the form (size and shape) of an organism or an object, is one of the main techniques used in archaeozoology to extract biological information from animal remains. Morphometric technics in archaeozoology have mainly relied on combined uni/multivariate statistics and quantitative morphology based on linear measurements. Although useful, traditional morphometrics face several limitations (size correction, absence of homology in the linear distance, difficulty to capture geometry of complex shape, absence of graphical representation of shape changes) and prevent the addressing of old research questions and therefore the meeting of new challenges in bioarchaeology.

The so called “revolution” of Geometric Morphometrics in Biological science and Physical Anthropology during the 90’s has now addressed these issues by providing a new statistical theory to not only capture and retain the geometry of an object throughout the analyses but also to allow the visualization of its changes. These advances provide an opportunity to see if i) this revolution has helped archaeozoology to reach new insights into old questions; ii) to evidence the limits of its application on animal remains and iii) to identify the new directions in the field of archaeozoology within the following topics:

Biogeography.
Ecomorphology and Phylogeny.
Taxonomy and chronospecies.
Domestication.
Ontogeny.

The objective is to get researchers together in order to investigate possibilities and limitations of GM applications to tackle complex biological questions with osteoarchaeological remains and therefore widen the fields of investigation in archaeozoology.

Thomas Cucchi
CNRS, UMR 7209 « Archéozoologie, Archéobotanique : sociétés, pratiques, environnements »,  MNHN, Dpt Écologie et gestion de la biodiversité, 55 rue Buffon, 75005 Paris, France ; email
Sabrina Renaud
UMR 5125 CNRS – Université Lyon 1, Bâtiment Géode, 2 rue Dubois, campus de la Doua, 69622 Villeurbanne.

Web site:  http://www.alexandriaarchive.org/icaz/ICAZ2010/00-1st%20page/1st%20page.htm

10 de agosto de 2009

Geometric Morphometrics Laboratory for Systematics and Evolutionary researches


Geometric Morphometrics Laboratory for
Systematics and Evolutionary researches
1-5 February 2010

Centro Interuniversitario di Ecologia Evolutiva
Center for Evolutionary Ecology

Venue:
Dipartimento Scienze della Terra, dell’Ambiente e del Territorio,
Universita` del Molise,
Contrada Fonte Lappone, I-86090
Pesche, Isernia, Italy

Organizers:
Anna Loy, Tassos Kotsakis, Paolo Piras

Geometric morphometrics (GM) has become the most used statistical tool in exploring size and shape variation in a variety of disciplines, from forensic anthropology to evolutionary paleobiology. Several workshops have been organized in order to introduce GM techniques.
However there is a need for advanced courses focused on specific research fields. The Geometric Morphometrics Laboratory for Systematics and Evolutionary researches is an advanced course addressed to PhD students and researchers already skilled on basic GM techniques and statistics.
The course will be devoted to GM tools for systematics and evolutionary researches. Lessons will focus on advanced GM data analyses, such as PLS, comparative methods, ontogenetic allometry, modularity, semilandmarks and outlines, including 3D data. The course will include morning and afternoon lessons followed by lab.

Information: http://host.uniroma3.it/laboratori/paleontologia/workshop%202010.htm

8 de julio de 2009

Proyecto de la morfometria del subgénero Megaluracarus Viets, (Acari: Hydracarina: Arrenuridae: Arrenurus)


Los ácaros dulceacuícolas o hidracáridos constituyen el grupo de quelicerados acuáticos más diverso, su riqueza se explica en parte por la coevolución con diferentes grupos de insectos acuáticos a los que parasitan y/o depredan, así como por la capacidad de dispersión que éstos les confieren (Smith et al., 2001).
El género Arrenurus Dugès (Hydrachnidia: Arrenuridae) es el grupo más grande de ácaros dulceacuícolas con alrededor de mil especies descritas (Cook et al., 1989); su evolución ha dado como resultado varios grados de dimorfismo sexual, con base en lo cual se ha dividido en nueve subgéneros. Entre éstos, Megaluracarus, ya que está constituido por alrededor de 260 especies, de las cuáles 190 se distribuyen en América (Rosso de Ferradás y Hernández, 2005; Cook, 1980; Cramer y Cook, 1992). En México, se han registrado 18 especies de dicho subgénero (Cook, 1980; Cramer y Cook, 1992; Rivas y Cramer, 1998), varias de ellas cohabitando en el mismo cuerpo de agua, en estos casos, se ha observado que las diferencias morfológicas entre los machos de algunas especies son casi graduales (obs. pers.).
En este sentido, los análisis morfométricos son una herramienta muy útil ya que permiten detectar diferencias sutiles entre las especies. Dichas distinciones suelen ser factibles de interpretar biológicamente, lo cual puede incrementar la precisión y resolución de posteriores análisis filogenéticos y faunísticos a gran escala (Budd et al., 1994; Cazorla y Acosta, 2003; Grobler et al., 2006; Reuschel y Shubart, 2006).
Este proyecto constituye el primer análisis morfométrico de la forma del cuerpo en un grupo de ácaros dulceacuícolas. Se espera que los resultados permitan elaborar hipótesis sobre distintos aspectos de su biología, como su diversidad y su distribución. Se ha revisado la bibliografía referente a la descripción de las especies del género Arrenurus. Preliminarmente, se han encontrado 260 especies del subgénero Megaluracarus descritas a nivel mundial, de las cuales 191 se han descrito para el continente americano. Para 96 de éstas especies, se ha obtenido la imagen digitalizada de la vista dorsal del cuerpo de los machos, escaneada a partir de las descripciones originales (Fig. 1). Las principales diferencias en la forma del cuerpo o idiosoma de los machos de Megaluracarus, se observan en la parte posterior o cauda: puede ser corta o larga, redonda o angulosa, o presentar protuberancias; la parte anterior del cuerpo a veces puede presentar proyecciones semejantes a cuernos o bien ser redondeada.

Fig 1. a Vista dorsal, y b) vista lateral del macho de Arrenurus (Megaluracarus) colitus,
la flecha señala la cauda.

La idea básica de realizar esta exploración de la forma, es confirmar, si como se ha observado a simple vista, existen especies que comparten una forma básica, es decir, si se conforman grupos de formas; y por otra parte tratar de dilucidar si dichas formas reflejan algún tipo de patrón biológico (p. ej. a nivel biogeográfico, ecológico o evolutivo).

Según la forma de la parte anterior del idiosoma y el largo y forma de la cauda, las 96 especies se repartieron en seis diferentes grupos. La primera parte de este proyecto consiste en hacer un análisis morfométrico prospectivo de cuatro grupos de especies.

Una dificultad a resolver es que el contorno corporal en vista dorsal no presenta marcas que puedan considerarse homólogas, por lo que se esta experimentando con la definicion de seudomarcas (Fig. 2) utilizando MakeFan (Integrated Morphometric Package, IMP). Se digitalizaron las coordenadas "x,y" de 44 seudomarcas con TPSDig. Las configuraciones de seudomarcas de cada especie fueron alineadas con la superimposición Procustes (PS) en CoordGen (IMP). Las semimarcas deben ser alineadas a lo largo de sus curvas parciales respectivas, para esto se utilizó Semiland6 (IMP). Para generar las variables de forma (Partial Warps) se utilizó la aproximación thin-plate spline (TPS).




Fig 2. Forma generalizada grupo 4 (azul) contra grupo 1 (rojo).
Fig 3. Forma generalizada grupo 4 (azul) contra grupo 2 (rojo).
Fig 4. Forma generalizada grupo 4 (azul) comparada con la forma generalizada del grupo 3 (rojo).


Los analisis multivariados consistieron en Analisis de Componentes Principales (PCA) y Analisis de Variables Canonicas (CVA). Para observar las tendencias generales en la variación de la forma del idiosoma en vista dorsal de Megaluracarus, los datos fueron analizados con PCAGen6 (IMP). Para discriminar entre sí a los cuatro grupos analizados, se utilizó CVAGen6 (IMP). Para evaluar la significancia de las diferencias en la forma por pares de grupos, se utilizó TwoGroup6 (IMP).

Fig 5. Gráfica de la Componente 1 contra la Componente 2.
Fig 6. Gráfica de la Componente 1 contra la Componente 3.


Fig 7. Deformación en la Componente 1.
Fig 8. Deformación en la Componente 2.


Considero que las pseudomarcas, en el caso de la forma de Megaluracarus, son una técnica bastante útil, ya que caracterizan bastante bien el contorno del cuerpo, y permiten cumplir con el objetivo central del trabajo que es hacer una primera exploración de la forma. Con respecto al número de marcas, parecen ser suficientes para caracterizar la forma, ya que se concentran principalmente en la parte posterior del cuerpo de los ácaros o cauda, que es la que varía con mayor frecuencia entre las especies.
Personalmente considero que la morfometría geométrica es un campo apasionante. El poder examinar a los organismos de esta manera, y no estar limitados a las simples mediciones, da la posibilidad de responder preguntas que antes serían inimaginables. A pesar de lo difícil que puede parecer la metodología a primera vista, al entenderla y aplicarla, se vuelve relativamente sencillo seguir cada paso y explicar y discutir los resultados. Tengo muchas expectativas de este trabajo y de las preguntas que sere capaz de resolver y sobre todo de las que surgiran sobre la marcha.

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